Ivan Marek rođen je 16. siječnja 1863. u Zagrebu. Kemiju je diplomirao 1886. na Mudroslovnome fakultetu Sveučilišta u Zagrebu. Po diplomiranju zapošljava se na gimnaziji u Zemunu, a od 1898. radi kao profesor Graditeljske i obrtne škole u Zagrebu. Zalaganjem Vladimira Njegovana prelazi 1919. na upravo osnovanu Tehničku visoku školu u Zagrebu, kasnije Tehnički fakultet Sveučilišta u Zagrebu.
Godine 1920. postaje redoviti profesor organske kemije, gdje sudjeluje u organiziranju vježbi i predavanja iz toga kolegija. Od osnivanja Zavoda za organsku kemiju Kemičko-inženjerskog odjela Tehničke visoke škole godine 1922. pa sve do umirovljenja 1935. bio je njegov predstojnik.
Znanstveno se bavio elementarnom analizom organskih, u prvom redu prirodnih spojeva te određivanjem parafina u asfaltu. Tijekom rada na Tehničkoj visokoj školi radi na usavršavanju peći za elementarnu analizu uvođenjem električnoga umjesto plinskog zagrijavanja. Time se omogućuje izravno spaljivanje na visokoj temperaturi bez upotrebe katalizatora. Takva se konstrukcija naziva Marekovom peći.
Ivan Marek umro je u Zagrebu 11. studenoga 1936.