Vladimir Njegovan rođen je u Zagrebu 28. travnja 1884. Studirao je kemiju na Mudroslovnome fakultetu Sveučilišta u Zagrebu, a studij kemije završio je 1907. na Visokoj tehničkoj školi u Beču. Nakon diplomiranja zapošljava se kao asistent u Agrikulturno-kemijskome zavodu Kraljevskoga višega gospodarskog učilišta u Križevcima. Usavršavao se na Saveznoj visokoj tehničkoj školi (ETH) u Zürichu. Godine 1912. doktorirao je na Tehničkoj visokoj školi u Beču.
Po osnutku Tehničke visoke škole u Zagrebu imenovan je prvim redovitim profesorom anorganske i analitičke kemije na njezinom Kemičko-inženjerskom odjelu. Utemeljio je i prvu organizacijsku jedinicu toga odjela, Zavod za analitičku kemiju. Kao vrijedan radnik i izvrstan organizator u kratkom je roku osigurao prostor i nastavnike za pokretanje cijeloga studija, i stoga ga se smatra stvarnim utemeljiteljem studija kemije, kemijske tehnologije i kemijskog inženjerstva u Zagrebu, čiji je sljednik današnji Fakultet kemijskog inženjerstva i tehnologije Sveučilišta u Zagrebu. Na Tehničkoj visokoj školi službovao je i kao dekan (1920./1921., 1924. – 1926.) a zatim, nakon njenog ulaska u sastav Sveučilišta u Zagrebu, i kao dekan Tehničkoga fakulteta (1931. – 1933.). Predstojnik Zavoda za analitičku kemiju bio je od 1919. do 1943.
Znanstveno se bavio analitičkom i fizikalnom kemijom, termodinamikom te kemijskom nomenklaturom i terminologijom. Godine 1926. osnovao je Jugoslavensko hemijsko društvo kao preteču današnjega Hrvatskoga kemijskoga društva a 1927. pokrenuo je Arhiv za hemiju i farmaciju, koji danas nasljeduje časopis Croatica Chemica Acta. U Arhivu za hemiju i farmaciju bio je 1927. – 1934. prvi glavni urednik. Među njegovim udžbenicima, popularnim knjigama i brošurama ističe se Hemija za više razrede srednjih i stručnih škola (iz 1936., u suautorstvu s Matijom Krajčinovićem).
Vladimir Njegovan umro je u Zagrebu 25. lipnja 1971.